Servicii – Ala Biolab

Servicii de secvențiere NGS/ BITseq

BITseq™ / Bionics

Cea mai bună alegere pentru analiza genomică mid-range, bazată pe NGS.

Serviciul de analiză genomică bazat pe NGS asigură atât acuratețea, cât și eficiența de care aveți nevoie

Ce este serviciul de Secvențiere BITseq™

BITseq™ este un serviciu specializat de secvențiere și analiză a ADN-ului, optimizat pentru intervalul mid-range (300pb - 20kb). Acesta combină avantajele tehnologiei NGS cu cele ale secvențierii Sanger :acuratețea ridicată și acoperirea largă oferite de NGS si timpul de analiză rapid și prețurile accesibile specifice metodei Sanger

Cel mai accesibil preț și eficiență ridicată

Rentabilitate de neegalat comparativ cu secvențierea Sanger și NGS convențional, indiferent de dimensiunea ADN-ului

Nu este nevoie de primerwalking pentru secvențierea de novo a ADN-ului

Eliminarea necesității sintezei repetitive de primeri și a ciclurilor multiple de secvențiere

Gamă largă de dimensiuni ADN: 300 bp ~ 20 kb

Secvențiere plasmidică cu inserții mari de ADN

Calitate ridicată a secvențierii, bazată pe NGS

Rezultate digitalizate

Fără restricții privind tipul și originea probei

Necesită cantități mici de probă: doar 10 ng/µl

Secvențierea probelor provenite din diverse specii: virusuri, fungi, microbiom si alte tipuri de ADN

BITseq™ in comparație cu Sanger

Primer de secvențiere

Dimensiunea analizabilă

*Curățarea produselor PCR este recomandată de producător, iar această etapă va fi realizată de noi, care vom furniza controlul calității prin electroforeză pe gel de agaroză și cuantificare spectrofotometrică sau fluorimetrică.

Pachete de analiză

Reference Based

Oferă rezultate de analiză pentru intervalul 300pb – 20kb.

Rezultatele sunt furnizate prin maparea directă la referința oferită, folosind 100PE (doar R1) obținut din produse PCR sau probe de plasmide.

Pentru date brute suplimentare de secvențiere, este necesară o nouă comandă folosind serviciul “Raw Data”.

Rezultatele sunt livrate sub formă de FASTA și tabel de frecvență bazică. (Fișierul ab1 nu este furnizat.)

Potrivit pentru verificarea probei față de o secvență de referință – identifică inserții, deleții sau mutații punctiforme cu acuratețe.

Basic

Oferă rezultate de analiză pentru intervalul 300pb – 20kb.

Asamblare de novo a produsului PCR și a probelor de plasmide folosind 100 SE (doar R1).

Secvența completă este furnizată pentru produsele PCR, iar pentru plasmide se oferă doar informații despre inserția extrasă.

Rezultatele sunt livrate în format FASTA, tabel de frecvență bazică și fișier ab1.

Pentru date brute suplimentare de secvențiere, este necesară o nouă comandă folosind serviciul “Raw Data”.

Ideal pentru obținerea secvenței complete a unui produs PCR sau plasmidă, fără a avea nevoie de o secvență de referință.

Raw Data

Sunt furnizate date brute NGS ale probei.

Seturi de date de 30.000, 50.000 sau 100.000 de citiri sunt generate cu secvențiere paired-end (PE) de 150bp. Rezultatele sunt livrate în format FASTQ, împreună cu un raport.

Primiți toate datele brute de secvențiere, pentru analize avansate folosind propriile instrumente bioinformatice.

Identificare Microbiană

Serviciu de identificare microbiană bazat pe NGS.

Sunt acceptate probe sub formă de ADN genomic sau pelete celulare.

Se realizează amplificarea PCR a regiunilor 16S, 18S, 26S și 5.8S, urmată de secvențiere. Rezultatele sunt furnizate în format FASTA și sub formă de raport detaliat.

Determinați cu precizie speciile prezente în probă, prin secvențiere țintită a unor markeri genetici esențiali.

BASIC

Reference Based

Raw Data

Identificare Microbiană

Fișier FASTA

Tabel frecvență baze

Raport

Fișier ab1+Tabel frecvență baze

Fișier FASTA

Fișier FASTQ

100 SE / Asamblare de novo

100 SE / Mapare pe bază de referință

150 PE (30K sau 50K sau 100K)

100 SE (16S / 18S / 26S / 5.8S)

Output type 2 : FASTA File (.fasta)

Output type 1 : ab1 File (.ab1)

Output type 3 : FASTQ File (.Fastq)

Output type 4 : Base Frequency File (.xlsx)

Fluxul de lucru

Clientul ne contactează și ne furnizează detalii despre probă (tip, lungime amplicon) și secvența de referință (FASTA / GenBank), iar noi oferim un deviz care include ridicarea probei, curățarea acesteia, verificarea pe gel de agaroză și serviciul complet de secvențiere.

Ne deplasăm pentru a prelua eșantionul direct de la client (plăci, tuburi, produse PCR etc.).

Curățăm probele cu particule magnetice highprep PCR, verificăm integritatea pe gel de agaroză și măsurăm concentrația utilizând Nanodrop sau Qubit.*

Trimitem probele către Bionics pentru analiza BITseq™ (NGS).

Clientul primește fișierele rezultate: .ab1 – cromatogramă digitală, .fasta – secvență consens, .fastq – date brute și .xlsx – tabel de frecvență a bazelor.

*În funcție de serviciul ales

Download brosura

Formular de contact

Întrebări frecvente

Ce este un fișier ab1?

Un fișier ab1 reprezintă rezultatul electroforezei ADN, generat de un analizor ADN în timpul secvențierii Sanger. Deși BITseq utilizează o metodă diferită față de Sanger, se oferă fișiere ab1 digitalizate, similare cu rezultatele tradiționale de secvențiere Sanger.

Ce conține un fișier FASTA?

Fișierul FASTA conține secvența finală, analizată, a probei țintă.

Ce este un fișier FASTQ?

Fișierul FASTQ conține date brute NGS obținute în urma analizei de secvențiere. Acesta include atât informația despre secvența de baze, cât și scorurile de calitate pentru fiecare bază, indicând fiabilitatea determinării fiecărei poziții.

Ce este un Tabel de Frecvență a Bazelor?

Tabelul de frecvență a bazelor este un fișier care arată, pentru fiecare poziție din secvență, câte citiri (reads) s-au aliniat la fiecare bază, oferind o imagine cantitativă a acurateței și consistenței secvenței obținute.